根據相關政策規定，全域土地綜合整治中可以申請調整永久基本農田，但需遵循嚴格的條件和程序，確保耕地數量不減少、質量有提升、生態有改善。具體如下：

調整原則

數量不減少：新增永久基本農田面積不得少于調整面積的5%。質量不降低：調整后的永久基本農田質量總體應高于調整前。生態有改善：結合農田水利設施、防護林建設等提升生態功能。布局優化：集中連片程度提高，保持總體穩定。

調整程序

方案編制：由市縣自然資源和農業農村部門編制調整方案，報市縣政府論證。審核報批：方案需經省級自然資源和農業農村部門審核同意。驗收備案：實施后通過驗收，更新永久基本農田數據庫并報省級備案。

限制要求

調整規模原則上不超過所涉鄉鎮永久基本農田劃定面積的5%。不得以優化布局為名占用優質耕地，嚴禁隨意調整永久基本農田。

綜上，全域土地綜合整治允許調整永久基本農田，但需嚴格符合政策要求并履行法定程序，最終目標是實現耕地保護和土地集約利用的雙重效益。